Mustafa Erdoğan anayasa teorisi ve hukuku, insan hakları ve siyaset teorisi alanlarında çok sayıda eser verdi. Türkiye Bilimler Akademisi üyesi de olan Erdoğan'ın başlıca eserleri şunlardır: Özgürlük, Hukuk ve Demokrasi (2018), Türk Anayasa Hukuku (2018), Hukuk ve Adalet (2017), Anayasa Hukukuna Giriş (2017), Anayasal Demokrasi (13. b., 2017), Türkiye'de Anayasalar ve Siyaset (9. b., 2016), İnsan Hakları: Teorisi ve Hukuku (4. b., 2014), Aydınlanma, Modernlik ve Liberalizm (2006), Demokrasi, Lâiklik ve Resmi İdeoloji (2. b., 2000).
İnsan Hakları: Teorisi ve Hukuku adlı bu eserde yazar bilinen genel özgürlükçü yaklaşımını korumaktadır. Bu dar anlamda bir hukuk kitabı olmayıp, insan hakları meselesini felsefi-ahlâki perspektifle hukuki analizi birleştiren bir yaklaşımla ele alan bir eserdir. Ancak, felsefi yaklaşım hukuki analizi gölgede Devamını Göster